目前，檔案界普遍使用的消毒方法中有藥物熏蒸法，紫外線輻射法、冷凍法、真空法、真空充氮法、微波法和臭氧法。藥物熏蒸法和紫外線輻射法為早期方法，它們在當時的技術條件下對檔案消毒發揮了一定的作用，目前很少使用。冷凍法、真空充氮法、微波法、臭氧法正在被使用，但與其他實用技術一樣，既有正面作用，也有負面影響。

1、藥物熏蒸法。對檔案消毒，此法為化學消毒，采用熏蒸機、熏蒸室。常用藥物為：甲醛、環氧乙烷、硫酸氟等。此法對害蟲殺滅率較高，對微生物差一些。因其藥物對人體有危害，微量殘留可能會腐蝕檔案，目前較少使用。

2、紫外線輻射法。主要殺滅檔案中微生物。此法為化學消毒，對檔案表面的蟲卵及微生物殺滅效果較好。紫外線消毒采取直接光照，檔案內部無法消毒，紫外線對字跡有褪色作用，因此用此法大量消毒檔案意義不大。

3、低溫冷凍法。無論害蟲還是蟲卵維持正常生理狀態都需要一定的溫度，如果溫度降低到一定程度，害蟲及蟲卵就會死亡。溫度-10℃左右生物細胞內的游離水就會外溢到細胞間隙而結冰，細胞結構就會破壞，原生質脫水濃縮 ，造成害蟲及蟲卵死亡。因消毒時間長(48小時)，消毒效率低，使此法消毒受到限制。

4、真空及真空充氮法。在真空容器中采用真空泵將容器中的空氣抽出，使容器中幾乎不含有空氣(氧氣)，從而使害蟲及微生物死亡，稱為真空消毒。如果用高壓氮氣充入容器，稱為真空充氮消毒。此消毒法儀器設備造價昂貴，操作技術要求高，適用于大型檔案館。

5、微波消毒法。利用波長1mm-0.1mm，頻率為300MHg-300GHg的微波對檔案進行消毒，稱為檔案微波消毒。微波消毒的特點是時間短，均勻消毒，消毒機體積小，適用于小型檔案館(室)。但微波消毒存在一定的危險，溫度升高至60℃，紙張字跡的物理性能會受到影響，如果檔案中含有金屬異物，容易引起檔案碳化、自燃。

6、臭氧法。臭氧分子具有很強的氧化性，對生物的細胞有強烈的破壞作用。 對干燥檔案進行臭氧消毒，高濃度臭氧使消毒工作時間較短，對害蟲及微生物殺滅率高達99%。臭氧消毒屬于接觸式消毒，南方一些廠家研制的臭氧檔案消毒柜，只能對檔案表面消毒。

利用化學方法對檔案消毒要考慮對檔案紙張、字跡的化學成分的影響。利用藥物熏蒸消毒，熏蒸藥物可能對紙張、字跡產生化學反應，選擇熏蒸藥物時一定要選擇對紙張字跡無化學作用的藥物。利用紫外線或臭氧消毒，要保證檔案干燥，消毒時間要短，避免對檔案產生負作用。

利用物理方法對檔案消毒，要考慮到對紙張、字跡物理性能的影響。低溫冷凍消毒時間長，對檔案紙張字跡的化學鍵、化學成分穩定性有一定影響。真空及真空充氮消毒，在壓力容器中形成很高的負壓，紙張長時間受負壓作用其物理性能會改變，影響紙張的撕裂度和耐折度、字跡與紙張附著力。對于微波消毒，要注意消毒時間的選擇，防止檔案溫度過高而引起的碳化與自燃。對消毒檔案進行嚴格的檢查，避免金屬異物過熱，引起檔案自燃。